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杨鸿智-后现代理论医学博客

《后现代医学》、《正反馈医学》、《自体原位器官重构技术》

 
 
 

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关于我

这是一个宣传后现代理论医学的博客.后现代理论医学是以系统理论为指导的新医学.该理论认为,在生命组织中干细胞是决定机体功能状态最基本的因素.通过调节机体内环境和为干细胞提供再生所需要的物质和能量,就可以使干细胞在患者体内原位再生,实现器官重构,使器质性病变得到治疗.现在,已经在北京医药信息学会内成立了后现代理论医学专业委员会,杨鸿智是主任委员.

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(6)欧阳钟灿漫谈《生物物理学:能量、信息、生命》  

2013-06-22 12:50:49|  分类: 干细胞病 |  标签: |举报 |字号 订阅

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6)欧阳钟灿漫谈《生物物理学:能量、信息、生命》

——挑战通天塔

来源:科学时报

2007-5-29

http://www.39kf.com/education/Science-education-news/2007-05-29-373677.shtml

 

摘要:

 

20世纪中叶,DNA双螺旋结构的发现使人们明白,生命的奥秘可以通过研究大分子得以揭示,人类由此进入了历史上最具革命性和深远意义的分子生物学时代,并在此后长达50余年的时间里一直维持着知识爆炸式增长的态势。现在的问题是,关于生命现象的分子层次的信息太多了,生物学有被海量信息淹没之虞,当务之急是寻找一个新......

 

 

20世纪初,人们已经意识到,尽管从化学的角度看生物体仿佛杯羹,但生物体却能做到羹无法完成的很事情薛定谔(E.  Schr?dinger)在《生命是什么》(1944年)中就提出了生物体如何从食物中创建秩序并做功一难题。到20世纪中叶,DNA双螺旋结构的发现使人们明白,生命的奥秘可以通过研究分子得以揭示,人类由此进入了历史上最具革命性和深远意义的分子生物学时代,并在此后长达50余年的时间里一直维持着知识爆炸式增长的态势。

 

20世纪末的最后几年里,生命科学捷报频传:首先是1997年多莉羊的诞生,接着是2000年美英首脑同时宣布人类基因组草图问世。然而,面对旧世纪送给新千年的礼物——一部由30亿碱基对写成的“天书”,人们感到局势逆转了。现在的问题是,关于生命现象的分子层次的信息太多了,生物学有被海量信息淹没之虞,当务之急是寻找一个新的工作框架,把描述性生物学积累起来的大量事实、海量据组织起来,此,定量生物学应运而生。加入这个队伍的不仅有生物学家、化学家、物理学家、数学家和工程师,甚至医生和企业家也被逐渐卷入。这支具有不同学科背景的研究大军挑战的是生命科学的通天塔,并且有望不再重蹈古巴比伦人的覆辙(按《旧约·创世纪》的传说,上帝因古巴比伦人狂妄而令他们各操不同的语言,从而无法建成通天塔)。

 

例如,单分子物理学技术已为生物学家广泛接受,并使人们对细胞的探索进入到所未有的深度,不仅可对纳米尺度的DNA单分子进行快速测序,还可以对它们进行拉伸和扭转。这类截然不同于传统生物学的直接观测手段,将对标准生物学教科书中各臆测的卡通式图像进行为可信的检验。在学科界限日益模糊的大背景下,美国国家科学基金会(NSF)与国家卫生研究院(NIH)联手资助大学建立了多个跨学科的Bio-X中心,英国生物技术与生物科学基金会在2003年建立了以10年为期的重大研究计划——预测生物学。这个蓬勃发展的交叉学科正在成为大量学术会议、高质量学术期刊以及基金资助机构的主角。为培养能适应这种发展需求的具有全新知识结构的研究人员,首当其冲应革新大学生命科学相关的教学,使培养出来的跨学科学生能使用同一种语言去建造生命科学的通天塔。

 

 “写给下一代的分子生物学家”

 

1998年,《细胞》出版一期生物分子机器研究的研究专辑,时任美国科学院院长、生物学家和生物学教育家的艾伯茨(B.  Alberts)为该专辑撰写了题为《作为蛋白质机器集合体的细胞:写给下一代分子生物学家》的导言。他在文中明确指出,将细胞简单地视为化学反应器的传统观念正在被颠覆,取而代之的是将细胞当做大量单分子机器协调运转的集合体。这一图像使得生物学与物理学的人为界定失去了意义。为顺应这一发展趋势,新一代分子生物学家不可能再将物理学、数学等当做研究中的点缀,相反,这些知识将是他们在后基因组时代成功的核心因素。为此,他呼吁生物系反省传统的教学内容和方式,适当增加数学、物理学等其他学科的知识。这篇文章事实上也预示了后续事态的发展。

 

200010月,艾伯茨和NIH、霍华德·休斯医学研究所的官员共同倡议并发起了名为“培养21世纪的科学家:本科生的生物学教育”(Undergraduate  biology  education  to  prepare  research  scientists  for  the  21st  century,简称Bio2010)的教育类咨询调研项目。美国科学院研究理事会承担了Bio2010的实施,组织了为期两年的系统研究,在2003年正式发表了长达200页的Bio2010报告,凝练了当今生命科学本科生必修的生物、化学、物理、数学与计算机科学以及工程科学的基本概念。Bio2010委员会主席是中国学生所熟悉的生物化学家、斯坦福大学的斯特里厄(L.  Stryer)教授。

 

神经网络模型创立者、普林斯顿大学教授霍普菲尔德(J.  Hopfield)是Bio2010物理与工程学分委会主席,他在《今日物理》(Physics  Today)上撰文指出:Bio2010的迫切需要,是由于生物学正逐渐演变成越来越定量化、越来越与其他学科交叉的态势。他强调,定量化与物理学观点是理解蛋白质折叠、细菌化学趋化、神经冲动、细胞研究中的单分子荧光探测、生物演化、扫描电镜工作原理、蛋白质收缩发力、对称性破缺形成的斑图、由编码不同蛋白质的DNA序列构成的进化树、生化反应网络的侦测/放大/决策机制等一系列当代生命科学前沿课题所不可或缺的。因此,他认为普林斯顿大学生命科学系的学生都必修一门内容有所剪裁的物理课程。同时,他对现行物理学教程完全砍掉复杂系统相关的内容(这正是生命科学研究所需要的)而鲁莽地跳到麦克斯韦方程的做法深表不满。他呼吁传统的物理学课程应该从“性质”描述改造成为“功能”描述(生命体正是典型的功能系统)。当然,霍普菲尔德也指出,Bio2010报告本身并不足以完成这一使命,但各大学可以根据该报告的有关内容,调整与改造本科生教程以适应21世纪的需要。报告公布两年后,美国生物科学学会的初步调查表明,Bio2010在促进高校生物医学专业的教学改革方面已经取得了一定的实效。

 

作为呼应,美国科学院研究理事会也于近期建立了“凝聚态物质与材料物理学2010年前瞻”委员会(CMMP2010),并发表了题为《凝聚态物质和材料的物理学:我们身边的科学》的中期报告,提出了8个挑战性的问题:(1)复杂现象如何从简单组分系统中涌现?(2)未来我们如何发电?(3)生命的物理学是什么样的?(4)远离平衡的系统会产生什么现象?为什么?(5)纳米世界有什么新现象?为什么?(6)如何拓展测量和预测的新领域?(7)如何变革信息时代?(8)如何启发和教授他人?细读这个中期报告,不难发现,除了问题(2)(探讨新能源)与问题(7)(聚焦于自旋电子学、DNA计算机、量子信息)外,其他6个问题都与Bio2010对生命科学的物理学变革的阐述遥相呼应。显然,21世纪生命科学与物理科学之间的融汇贯通已经势不可挡。

 

纳尔逊的《生物物理学》

 

世界上第一本全面体现Bio2010精神的教科书,是2004年出版的美国宾州大学教授纳尔逊(P.  Nelson)所著的《生物物理学:能量、信息、生命》(Biological  Physicsenergyinformationlife)。

 

该书已由中科院理论物理研究所生物物理研究组的研究生译成中文,并由上海科学技术出版社于200612月出版发行。

 

完全不同于传统生物物理学中物理学的“工具性”从属地位,即利用物理学工具如荧光、核磁共振、电子显微镜等研究特定的生物学问题,本书坚持将生命系统视为特殊物理系统的立场,强调从物理学基本原理出发理解生命现象甚至预言新的生命现象(如作者撰写第9章的目的),从而凸显了物理学研究(如纳米尺度物理学)在21世纪生命科学中的主导地位。因此,书中每章开篇都提出了一个生物学问题,同时给出了与之关联的物理学思想。带着这些问题和思想来学习每一章,读者就会发现很多奇妙的生命现象的确可以得到定量描述,并遵循物理学的普遍规律(有时甚至能激励对新原理的探索)。这正如阅读从开普勒行星运动论到牛顿万有引力论的升华过程,给人们带来一股认识真理的快感。

 

时至今日,生物学已经涵盖极广:从分子水平(如DNA、蛋白质、磷酯)到细胞水平,从它们的个体结构与功能(如细胞与生物膜的自组装、大脑和整个生物体)到整个生物圈,几乎无所不包。在纳尔逊的这本书面世之前,人们很难发现一本能对生物学大千世界进行简单而统一介绍的教科书。要将微观、介观、宏观乃至整个地球生物圈的生命系统用基本的物理原理联结起来,绝不是轻而易举的事情!而纳尔逊的书做到了这一点。不难想象,在对众多学科浩繁的文献进行全面梳理并提炼出统一的理论框架的浩大工程中,作者付出了怎样的心血,此番苦心孤诣堪与诺贝尔物理学奖得主德热纳(P.  G.  de  Gennes)在20世纪70年代写作《液晶物理学》(The  Physics  of  Liquid  Crystals)与《高分子聚合物物理的标度性概念》(Scaling  Concepts  in  Polymer  Physics)两本巨著的劳苦功高相比拟。德热纳把几十年来广泛分布于文献中的液晶、高分子的研究成果梳理升华为统一的理论,靠的是他所掌握的刻画软物质的最基本概念——序参数和标度律;纳尔逊则是基于他对统计物理学的深刻理解,完成了对生物物理学的统一叙述。这一点可从书中“致指导教师”一节了解。

 

该书每章都从能量、有序等基本概念出发,逐渐建立起理解生物体各种有序现象的热力学与统计力学基础。如第一章从能量、有序、熵及耗散等简单描述出发,引导到一个内涵深刻的事实:生命仿佛热机,各种有序性均源于流经生命系统的能量流,而后者由太阳、地球及地外太空之间的温度差造成。并由此引出了切中当代生物学研究核心的重大问题:生物体如何在不同层次上从能量流中攫取有序性?前一观察事实点出了整本书所遵循的统一物理原理(这常常是生命科学的学生所缺乏的),对后一问题的探究则使读者充分领会到生物学致力于细节研究的必要性和独特品位(物理学的学生对“品味细节”往往感到不适应)。因此,第二章就带领学生(尤其是缺乏生物学背景的物理系学生)走一趟轻松的细胞世界之旅,见识各种类型的生物有序性,并掌握细胞分子家族的结构及词汇。接下来的5个章节则兼顾了生物系学生掌握统计物理概念的需求,由浅入深地介绍了概率、无规行走、扩散、摩擦、耗散、自由能、熵力等概念。这些概念虽为具有物理背景的学生所熟知,但它们在生物学研究中的应用以及结合实例的深入讨论,却能使两方面的学生都感到惊奇和兴奋,因为即使是学过统计物理的学生,他们多半也从未体验过统计物理各个分散的概念可以如此引人入胜地、有机地体现在同一个系统中。

 

本书最后5个章节则真刀真枪地深入到生物学前沿领域,包括生物分子自组织及协同变构、酶及生物分子马达、嵌膜分子泵和神经冲动。特别值得一提的是,第十章对热涨落环境中纳米机器独特工作机制(如布朗棘轮)的生动描述,绝好地体现了当代生物物理学的主流之一单分子生物物理学与纳米科学之间的深刻联系。面对这些涉及纯生物学领域的纵深课题如分子马达和离子通道,没有一点生物学背景的物理系学生可能会望而却步。但学习、阅读纳尔逊这本书却能使读者产生乐而忘返、恨不能一口气读完的感觉。

 

纳尔逊用对话的方式代替枯燥的说教和乏味的推导,许多过程他都要求读者亲自参与。例如,许多关键结论通常并不罗列在正文中,而是要求读者动手做完专门设计的思考题才能得到答案。每章的故事都是由一些简单实例、学科发展简史开始,而后逐步推进到前沿研究课题。特别令读者感叹的是,基本上所有图例、习题都不含人造数据,而是直接取材于真实的实验事例。除了思考题,各章末还留有引人深思的家庭作业。这些习题由易到难、循序渐进。特别是每章若干小节及习题旁标注的“T”记号,是提供给研究生以上的读者较深入的拓展内容和习题。根据附带引用的研究文献,学习这些进阶教程、练习这些进阶习题,可使资深的读者直接进入相应的研究领域。一句话,本书英文版虽于3年前发行,但书中论及的诸多课题至今仍是世界范围内生物物理学研究的热点。对今天的学生来说,这样一个飞速发展的领域的确提供了大量通向重大发现的机遇!

 

这本书不是生物学基础课的一个新分支,而是能够带领读者迅速到达当代生命科学研究前沿的旅游指南。本书的门槛很低——学习过大学一年级物理和微积分(外加一点高中的化学和生物学)的本科生即可进入课程。他们既可以是希望向定量生物学领域拓展的生命科学专业的学生,也可以是希望对生物学有所了解的物理学和工程学的学生。在“致学生”一节中,纳尔逊就自信地宣称,“等你学会了这些知识,你就应该有能力阅读当前发表在美国《科学》周刊(Science)和英国《自然》周刊(Nature)上的研究工作。”纳尔逊在他自己的教学实践中还发现,这个课程不但受到本科生的欢迎,也受到一到三年级所有级别研究生的欢迎,因为“他们不可能不注意到《纽约时报》(The  New  York  Times)上那些激动人心的文章,以及《今日物理》(Physics  Today)上每一期的封面文章”。

 

许多以本书为教材的教授都纷纷发表热情洋溢的书评。在亚马逊网上书店一篇四星级读者在评论中指出,“我愿意推荐本书给所有有生物学背景或物理学背景的学生和教授”。另一篇言简意赅的五星级网评则写下了“这本书文字流畅、通俗易懂、内容严谨、举例恰当,是一本顶尖的教科书”的赞美之辞。这本既可以当教材又可以做高级科普的好书之所以广受好评,其根本原因是当今物理学者渴望更多地了解生物学,以及生物学家渴望更多地了解物理学已成旗鼓相当之势。纳尔逊的书打开了通向双方的大门!

 

纳尔逊与中国译者

 

中国科学院理论物理研究所的研究生能获此殊荣,将纳尔逊的书译成中文并在华语世界里首次出版,首先应该归功于该所老一辈物理学家彭桓武、周光召先生约在17年前就部署了理论生物物理研究。纳尔逊本人也在大约17年前从超弦理论的研究转行到生物膜理论,从而开始他本人的生物物理学研究。最近,他的研究已经深入到了DNA单分子弹性(尤其是短链DNA弹性)、DNA—蛋白质相互作用等前沿课题上,与理论所生物物理研究者的经历颇为相似。事实上,他与笔者是相慕多年的同行。2003年,即本书英文原版正式出版前一年,他便来信邀请笔者协助联系出版社及中文版权转让事宜,并组织翻译工作。

 

值得庆幸的是,2004年春天,笔者与纳尔逊一起应邀参加由剑桥大学牛顿数学科学研究所(以下简称牛顿所)举办的“分子与细胞生物系统的统计力学”高级研讨班。牛顿所是世界著名的传播交叉学科研究的中心,1993623日怀尔斯(A.  Wiles)就是在该所宣布了费马大定理的证明。在研讨班的头一天报告中,纳尔逊向包括1997年诺贝尔化学奖得主沃克(J.  Walker),高分子物理学者、前卡文迪什教授爱德华兹(S.  Edwards,高分子物理学经典著作The  Theory  of  Polymer  Dynamics的作者之一)在内的与会者推介了他的生物物理学教材,引起了热烈反响(《自然》周刊上的书评就是与会者撰写的)。在讨论班上,纳尔逊与笔者详细讨论该书的中文翻译,此事还被载入牛顿所2004年年报,被称为研讨班中一项意想不到的收获。

 

从牛顿所回来后,根据教学研相长的经验,笔者组织12名研究生,按个人的课题背景分章节进行了初译,并由其中两位——黎明和戴陆如博士统稿主译。黎明博士是研究组中阅读并掌握当代生物物理学知识最多的研究生。他为全书的翻译付出了最多的心血和时间,并发现了原书中存在的一系列不妥甚至错误之处,经作者确认后在中文版中直接进行了更正,并列入作者的网上勘误表(见http://www.physics.upenn.edu/~biophys/errata)。因此,呈现在读者面前的中文版《生物物理学》经理论物理研究所多位资深研究员阅读后得到了一致肯定。

 

2006年,黎明和笔者应邀赴美国加州大学圣巴巴拉分校(UCSB)卡弗里理论物理研究所(KITP),参加了由纳尔逊等人组织的“分子与细胞机器的新物理”高级研讨班,聆听当代该领域顶级专家的报告。特别是在611日,研讨班举行了为期一天的小型教育论坛,专门讨论生物物理的教学,报告人均是美国高校在生物物理第一线从事研究及教学工作的著名学者,与会者则不乏来自其他领域的专家。纳尔逊以《难易适中的生物物理教学》(Intermediate  biological  physics)为题作了精彩演讲,UCSB校长杨祖佑先生及前述著名科学家艾伯茨也亲临论坛。后者还发表了题为《如何教会未来的生物学家辨别真正重要的和平庸的生物学问题》的讲演,再次强调了学科交流对产生重大科学问题的巨大推动作用。生物学家和物理学家齐聚一堂共话教育的场面,实为生命科学与物理科学交叉融汇的最佳见证。2007年,中国科学院研究生院将以纳尔逊的这本教材为蓝本,开设生物物理课程,并由黎明博士任教,使当今最前沿的生物物理学知识和理念得以在广大中国学子中传播。

 

最后,还要感谢上海科学技术出版社,没有出版社的胆识与大力协助,这个中文译本不可能这么快与读者见面。感谢出版社为中国生物物理学的发展付出的辛勤劳动及作出的贡献。

 

 

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